MCT相关序列保守区域的重要意义据推测，MCT序列中高度保守的构象都存在于特定的区域，包括各环及TM螺旋的起始端或终止端。这些保守残基绝大部分由甘氨酸组成，具重要的构建作用，如TM片段间旋转的形成、螺旋的充填和预备构造变化的柔韧性。同样，保守的脯氨酸和疏水残基可能在构建中也有重要意义，而保守的带电荷和亲水残基可能起催化作用<6>。在TMs1-6中，有4个残基在所有17个序列中是完全保守的，在别的更多位置上仅有保守置换发生。有两个高度保守的序列尤为突出：一个是PGWWVV，它横越首位进入TM1；另一个是FXKXLAXXAXAG序列，它引导TM5（括号外的黑体残基在序列中是恒定的，括号内的残基是可变化的氨基酸，正常状态的残基是共同氨基酸）.该分子的C端一半（TMs712）只有一个恒定残基，显示了较低的保守性。TM11和每一侧的环区是这个区域的*高保守区，有一个LXGPPXXGXLXD的结构突出在TM11外表面边缘。有证据表明MCT1的C端一半涉及底物的特异性。例如，中国仓鼠MCT1的TM10由苯丙氨酸变成半胱氨酸，MCT1则由一个乳酸/丙酮酸转运泵变成甲羟戊酸转运泵。而且，4，4-双-异硫氰酸二苯乙烯-2，2-硫氰酸盐（DIDS）在MCT1中的结合位点（结合在底物结合位点处或其附近），就位于C端一半<7>。

　　有一个能结合羧酸盐阴离子的正电荷集团是所有MCTs的一个特征。红细胞MCT1中的精氨酸可能发挥了此作用，因精氨酸反应物苯乙二醛可抑制MCT1的乳酸转运<4>。TM8中的一个精氨酸残基（人类MCT1的Arg313）在高等真核生物所公认的MCTs（除MCT5以外）和几乎所有的S。研究证明该残基的点直接诱变极大地降低了MCT对乳酸的亲和力。序列中完全保守的另一精氨酸/赖氨酸残基，位于TMs4和TMs5之间的保守区内。